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依米地肽（Elamipretide，SS‑31）为人工合成D‑构型为主的四肽，常以游离碱、三氟乙酸盐、盐酸盐三种盐型存在，不同盐型的物理参数存在一定差异，整体属于高水溶性阳离子多肽。其分子同时带有阳离子极性基团与芳香疏水侧链，表现出两亲性特征，这些物理属性直接决定原料储存、溶液配制、制剂开发以及体内给药行为，也是该多肽能够靶向线粒体内膜的物理基础。
纯的依米地肽游离碱原料药为白色至类白色冻干粉末，粉体质地疏松，无明显特殊气味；三氟乙酸盐是科研领域最常见盐型，同样为白色冻干固体。该多肽不具备强吸湿性，但在高湿度环境长时间敞口放置，会轻微吸附空气中水汽，出现粉体板结，因此固体原料需要隔绝湿气储存。该物质没有明确单一熔点，多肽类物质受热不会发生简单熔融，升温至较高温度会直接发生热分解，肽键断裂，因此不允许高温加热干燥处理。
溶解特性是依米地肽十分关键的物理特征。分子带有多个碱性氨基，在水溶液中携带正电荷，水溶性优异，游离碱在中性水中就具备良好溶解度，盐型产物溶解度进一步提升，水中可达到数十毫克每毫升的浓度。可溶于纯水、磷酸盐缓冲液、醋酸盐缓冲体系；可在DMSO当中溶解，但不推荐高浓度DMSO长期储存。在甲醇当中微溶，几乎不溶于乙酸乙酯、二氯甲烷、石油醚等非极性有机溶剂。该溶解特性表明重结晶纯化无法使用常规非极性溶剂，多肽纯化主要依靠反相液相色谱，之后冻干得到固体成品。
脂水分配系数体现其两亲特征，logP处于中间区间，分子同时存在带正电的极性D‑精氨酸、赖氨酸残基，又含有二甲基酪氨酸、苯丙氨酸芳香疏水侧链。单纯水溶性多肽难以穿透生物膜，而依米地肽依靠这种两亲属性，既可以在水相体系良好分散，又能够插入脂质双分子层，实现跨膜进入细胞，进一步富集到线粒体内膜。单纯依靠被动扩散即可穿透细胞膜，不完全依赖膜转运蛋白，这和很多大分子多肽有明显区别。
带电性质方面，分子存在多个碱性基团，等电点pI大约10‑11，属于强碱性多肽。生理pH7.4环境条件下，分子携带大约+3净正电荷，正电荷是结合线粒体内膜带负电心磷脂的物理驱动力。随溶液pH变化，分子质子化状态发生改变，酸性条件下电荷进一步升高；pH升高接近pI时，质子化程度下降，溶解度会出现下降。临床注射制剂pH控制在4.7‑6.1弱酸性区间，兼顾溶解性与储存稳定性。
光谱特征上，多肽分子当中存在二甲基酪氨酸与苯丙氨酸芳香基团，具备紫外特征吸收， 吸收波长约274 nm，该紫外吸收被用于HPLC纯度检测与含量测定。当多肽发生降解、芳香侧链被氧化时，吸收峰发生偏移，可快速判断原料是否氧化变质。
固体冻干品热稳定性较好，密封避光‑20℃条件下储存，理化性质可以长期保持；室温密封短期放置也可以维持稳定，但是不建议长期室温保存。配制成水溶液后稳定性明显下降，水溶液不宜常温长时间存放。多次反复冻融虽不会立刻造成大量降解，但会逐步产生少量截短肽杂质，因此母液建议小规格分装冷冻保存。多肽溶液不能使用高压蒸汽灭菌，高温会引发肽键断裂，无菌操作需要采用0.22μm滤膜过滤除菌。
粉体流动性偏弱，冻干得到的多肽粉末质地轻，容易产生静电，称量过程会发生粉体吸附粘壁现象，实验室称量需要做好防静电处理。该多肽无挥发性，常温下不会挥发；不存在易爆炸风险，不属于易燃易爆化学品。该分子主要为D‑氨基酸构建，常规条件不会发生构型消旋，储存过程不会大量生成L‑构型差向异构杂质。
盐型会直接改变部分物理表现。三氟乙酸盐水溶性 ，但TFA阴离子会残留于原料药；盐酸盐更适合制剂开发；游离碱在中性缓冲液需要充分搅拌溶解。盐型不同，粉体松密度、溶解速度、冻干成型效果会出现差异，在原料选型和制剂开发中需要重点区分。
从应用角度，两亲与阳离子带电两大物理特点，是其线粒体靶向的基础；良好水溶性便于制备注射制剂；水溶液不耐高温，只能过滤除菌；粉体易静电、轻微吸潮，对实验室称量分装提出操作要求。掌握以上物理性质，有利于规避操作不当带来的降解，保障科研实验与制剂工艺的稳定。